Pertubuhan IKRAM Malaysia Negeri Melaka telah ditubuhkan pada Mei 2009 bertempat di Pusat Tuisyen Seimbang (PSI) Melaka. Yang diPertua (YDP) Negeri yang pertama dilantik ketika itu ialah Tn Hj Abdul Aziz bin Omar. IKRAM Melaka ini kemudian menubuhkan 3 kawasan cawangannya iaitu Alor Gajah, Bandaraya Melaka, dan Jasin yang masing-masing diterajui oleh Tn. Hj. Aris bin Sipan, Tn. Hj. Rosli bin Adam dan Prof. Dr. Mohd Razali bin Muhammad.
Pejabat operasinya yang pertama telah diwujudkan di Taman Jati dengan mengambil-alih lokasi asal pejabat Jamaah Islah Malaysia (JIM) Negeri Melaka setelah pertubuhan tersebut bersetuju melalui ketetapan perhimpunan perwakilan nasional JIM untuk bergabung ahli dan juga asetnya ke dalam pertubuhan yang baru ini bersama-sama beberapa pertubuhan yang lain.
